BioInfo et BioStats à la Fac

Porteur car cette discipline en plein essor possède un féroce besoin de puissance brute du fait du gigantesque amas de données apporté depuis que les laboratoires du monde entier se sont lancés dans la folle aventure du décryptage des génomes. Et Apple veut sa part du gâteau en vantant les mérites du processeur G5 placé dans ses Xserves associés au couple Xraid/Xsan pour le stockage. En termes de rapport puissance/prix, Apple continue de faire valoir ses arguments face aux solutions d’en face tournant sous Linux.
En ce qui concerne l’université de Pittsburgh ce sont 250 processeurs G5 couplés à 2,5 To d’espace de stockage qui ont été financés par le puissant NIH (National Institutes of Health).

Porteur pour Apple grâce à ses effort continus de simplification de la gestion de ses solutions serveurs. De plus en plus d’universités souhaitent posséder le dernier cri technologique pour le meilleur prix et bien entendu pas question d’employer un ingénieur à plein temps pour s’occuper du cluster. A Pittsburgh, c’est le professeur assistant Dr. Michael Barmada qui gère le cluster grâce à Mac OS X Serveur et ses outils d’administration graphiques pour dompter la bête. Seul un technicien à mi-temps est nécessaire pour s’assurer du bon ordre de marche de la machine sur laquelle repose près de 120 projets de recherche.

Les biologistes (et dans un moindre mesure les bio-informaticiens) ont beau avoir de solides formations, ils sont avant tout des chercheurs en biologie et l’informatique reste un outil. Un programme écrit dans des langages standards de la communauté scientifique comme le C, le Fortran ou le Pascal doivent toujours être utilisable sur la nouvelle machine : aucun souci avec Mac OS X ! Une bibliothèque conséquente de programmes en bio-informatique et biostatistique (manipulation de matrices en algèbre linéaire) est dores et déjà disponible et son optimisation, pour les 64-bits du G5 et les 128-bits d’AltiVec est en cours pour toujours plus de rapidité dans les calculs. La boucle est bouclée, les chercheurs de Pittsburgh satisfaits et la recherche avance … sur Mac.